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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
INFORMATICA E BIOINFORMATICA
SC02122869, A.A. 2013/14

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2013/14

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2008/09, A.A. 2013/14
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Crediti formativi 5.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese INFORMATICS AND BIOINFORMATICS PRACTICAL
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2013/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo NON è possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile MAURO CONTI INF/01
Altri docenti STEFANIA BORTOLUZZI BIO/13

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Abilità informatiche e telematiche INF/01 5.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
LABORATORIO 2.0 32 18.0 Nessun turno
LEZIONE 3.0 24 51.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 03/03/2014
Fine attività didattiche 14/06/2014

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
6 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 LOSIOUK ELEONORA (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
5 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2016-2017 01/10/2016 30/11/2017 NAVARIN NICOLO' (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
4 Informatica e Bioinformatica 2015-2016 01/10/2015 30/09/2016 SPERDUTI ALESSANDRO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
CONTI MAURO (Supplente)
3 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2014-2015 01/10/2014 30/09/2015 DI PIETRO ROBERTO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
SPERDUTI ALESSANDRO (Supplente)
2 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 01/10/2013 30/09/2014 CONTI MAURO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
SPERDUTI ALESSANDRO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Nessuno.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Obiettivo dell'insegnamento è quello di permettere allo studente di acquisire alcune conoscenze di base relativamente all'Informatica e la Bioinformatica.

Per quanto riguarda l'Informatica, l'insegnamento si propone di dare una introduzione alla struttura e funzionamento di un computer, con particolare attenzione al sistema operativo e alla comunicazione in rete. Saranno inoltre introdotti i concetti base relativi alle basi di dati e al web. Infine lo studente sarà introdotto alla programmazione in python e ai principali software di produzione personale tramite lezioni ed esercitazioni in aula informatica.


La parte di Bioinformatica si prefigge di introdurre lo studente all’importanza e alla pervasività della disciplina bioinformatica nella biologia moderna e di fornire allo studente di la motivazione per lo studio dell’informatica come materia propedeutica la lavoro del biologo molecolare.
Modalita' di esame: Scritto a risposta multipla (sia per la parte di Informatica che Bioinformatica).
Criteri di valutazione: L'esame scritto tende a valutare il livello di conoscenze acquisite durante il corso, sia in termini di conoscenza di concetti che di applicazione degli stessi a casi concreti.
Contenuti: INFORMATICA

- Concetti e nozioni di base dell’informatica (architettura di Von Neumann, rappresentazione dell'informazione)
- Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows)
- Reti (Internet e il World Wide Web, TCP/IP, SSH, posta elettronica, HTML, motori di ricerca).
- Basi di Dati.
- Utilizzo di software di produttività personale (in particolare, editori di testo e fogli elettronici).
- Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python

BIOINFORMATICA


La biologia molecolare nell'era dei "big data": le metodologie sperimentali high-troughput e la grande disponibilità di dati sperimentali e conoscenza richiedono approcci quantitativi basati sull'informatica e la statistica per lo studio dei fenomeni biologici.

Database: database di biosequenze, risorse web orientate alla genetica, alla biologia molecolare e alla genomica.

Lavorare con le sequenze: allineamenti, cenni sugli algoritmi di allineamento locale e globale, omologia e similarita', BLAST.

Navigare i genomi: Risorse NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL, ENCODE.

Esercitazioni pratiche: esercitazioni sugli argomenti sopradescritti verranno svolte mediante database e webtools; un’esercitazione verterà sull’utilizzo della Shell e di Python per svolgere operazioni di base su file di sequenze.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Lezioni frontali ed esercitazioni in laboratorio informatico.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Vengono rese disponibili, come riferimento, i lucidi utilizzati a lezione. Per la programmazione in Python si farà riferimento a parti del libro:
Downey, J. Elkner, C. Meyers. “Pensare da Informatico, Imparare con Python” scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf

Lo studente può fare sempre riferimento al sito web dedicato al corso.
Testi di riferimento:
  • J. Glenn Brookshear, Informatica. Una panoramica generale. --: Pearson, 2006. Testo di riferimento, verrà utilizzato solo per le parti relative agli argomenti coperti dall'insegnamento Cerca nel catalogo
  • Krane e Raymer, Fondamenti di Bioinformatica. --: Pearson, 2007. Cerca nel catalogo