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a Ciclo Unico
Scuola di Agraria e Medicina Veterinaria
BIOTECNOLOGIE PER L'ALIMENTAZIONE
Insegnamento
APPLIED BIOINFORMATICS
AVP5073517, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
BIOTECNOLOGIE PER L'ALIMENTAZIONE (Ord. 2017)
IF0362, ordinamento 2017/18, A.A. 2017/18
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Curriculum BIOTECHNOLOGIES FOR FOOD SCIENCE [002LE]
Crediti formativi 10.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese APPLIED BIOINFORMATICS
Sito della struttura didattica http://www.agrariamedicinaveterinaria.unipd.it/
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biomedicina Comparata e Alimentazione (BCA)
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione INGLESE
Sede LEGNARO (PD)

Docenti
Responsabile CRISTIAN TACCIOLI
Altri docenti ENRICO MASSIMILIANO NEGRISOLO BIO/05
ENRICO MASSIMILIANO NEGRISOLO BIO/05

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative BIO/05 4.0
CARATTERIZZANTE Discipline biotecnologiche comuni BIO/11 6.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
ESERCITAZIONE 2.0 16 34.0 Nessun turno
LABORATORIO 1.0 8 17.0 Nessun turno
LEZIONE 7.0 56 119.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 02/10/2017
Fine attività didattiche 19/01/2018

Syllabus
Prerequisiti: Gli studenti devono conoscere le basi della genomica e della biologia molecolare. Inoltre, devono possedere una conoscenza minima dei sistemi operativi Windows, Mac o Linux
Conoscenze e abilita' da acquisire: Gli studenti acquisiranno una conoscenza bioinformatica sufficiente per utilizzare i software piu' importanti nel campo delle biotecnologie alimentari e le basi del linguaggio Python.
Modalita' di esame: L'esame finale sara' di tipo scritto.
Criteri di valutazione: Gli studenti saranno valutati sulle proprie competenze nell'utilizzo di software specifici e sulle capacita' di programmare nel linguaggio Python.
Contenuti: INTRODUZIONE ALLA BIOINFORMATICA UTILIZZANDO PYTHON

Introduzione al linguaggio Python (for/while loop, if/else statements, lists, tuples, dictionaries, regular expressions, lambda functions, list comprehensions, open/read files, directories, classes and objects). Utilizzo dei moduli Numpy, Scipy, matplotlib e Biopython. Parsing data files. Introduzione agli algoritmi di allineamento, Clustering e PCA.

EVOLUZIONE MOLECOLARE, FILOGENETICA E FILOGENOMICA

Prinicipi di evoluzione molecolare, filogenetica e filogenomica. Allineamenti multipli nello studio della filogenesi. Metodi di "phylogenetic reconstruction": i software piu' importanti. La selezione a livello di DNA e proteine: software web e locali. Predizione di struttura di proteina e RNA ed il loro ruolo nell'evoluzione molecolare, filogenetica e filogenomica. Bioinformatica applicata all'identificazione di specie.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso include lezioni ed esercitazioni per un totale di 80 ore.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Il materiale che verra' usato durante il corso puo' essere scaricato dalla piattaforma moodle all'indirizzo:
- https://elearning.unipd.it/scuolaamv/login/index.php

Inoltre, un manuale di Python utilizzato per la Genomica verra' distribuito agli studenti registrati al corso.
Testi di riferimento:
  • Pevsner, Jonathan, Bioinformatics and functional genomics. Hoboken: NJ, Wiley-Blackwell, 2015. Cerca nel catalogo
  • Kinser, Jason, Python for Bioinformatics. Sudbury - Massachusetts: Jones and Bartlett, 2008. Cerca nel catalogo