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a Ciclo Unico
Scuola di Medicina e Chirurgia
PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGIES - BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE
Insegnamento
ADVANCED REACTIVITY AND MODELLING
MEP5070478, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGIES - BIOTECNOLOGIE FARMACEUTICHE
ME2193, ordinamento 2015/16, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 7.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese ADVANCED REACTIVITY AND MODELLING
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Scienze del Farmaco (DSF)
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione INGLESE
Sede PADOVA

Docenti
Responsabile ANDREA SARTOREL CHIM/06

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative CHIM/08 3.0
CARATTERIZZANTE Discipline di base applicate alle biotecnologie CHIM/06 4.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Annuale
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
LABORATORIO 1.0 15 10.0 Nessun turno
LEZIONE 6.0 48 102.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 02/10/2017
Fine attività didattiche 15/06/2018

Syllabus
Prerequisiti: chimica organica di base
Conoscenze e abilita' da acquisire: Modulo A: comprensione dei meccanismi e dei principi di reattività delle trasformazioni chimiche presentate a lezione. assimilazione degli strumenti per la discussione della reattività in trasformazioni della chimica organica.
Modulo B: interpretare, confrontare e integrare i dati ottenuti da diverse tecniche della biologia strutturale; costruire un modello dai dati dei raggi X; accedere a un gruppo di dati strutturali dai principali database; valutare criticamente la qualità dei dati e dei modelli e selezionare le strutture più appropriate per opportuni utilizzi; utilizzare una serie di strumenti di analisi per identificare similarità strutturali che possano aiutare ad identificare la funzione della proteina; comprendere l'applicabilità del molecular docking e delle simulazioni di dinamica molecolare in un processo di sviluppo di farmaci.
Modalita' di esame: scritto
Criteri di valutazione: Modulo A: gli studenti dovrebbero essere in grado di riconoscere e discutere i meccanismi delle reazioni presentate a lezione, ed applicare gli strumenti presentati nel corso per interpretare criticamente la reattività di molecole organiche.
Modulo B: gli studenti dovrebbero interpretare in modo critico la qualità dei dati cristallografici di proteine e dei modelli, e acquisire esperienza nell'integrazione e nella visualizzazione dei dati da diverse tecniche, permettendo l'analisi dei dati strutturali delle proteine in relazione al loro funzionamento.
Contenuti: Modulo A: Selettività ed efficienza sono aspetti chiave di reazioni organiche in ambiente biologico. la sfida delal chimica organica è di guidare la reattività/selettività anche in ambiente artificiale. i principi fondamentali della reattività organica saranno affrontati con uno sguardo ai processi enziamtici. gli studenti saranno guidati a svelare i dettagli meccanicistici di queste trasformazioni chiave affrontando i requisiti cinetici e termodinamici di alcuni casi selezionati, sia in ambiente biologico sia artificiale.
Intermedi reattivi in chimica Organica. Carbocationi, carbanioni, carbeni e radicali. Studio di meccanismi. Reazioni di sostituzione nucleofila SN2 e SN1, SNi ed eliminazione E1 e E2. Chimica degli enolati, enammine, formazione di legami carbonio-carbonio. Derivati degli acidi carbossilici.
Sostituzione elettrofila aromatica. Aromaticità. Elementi della chimica di Eterocicli.
Modulo B
- analisi strutturale dei dati
- strumenti per costruire modelli e rifinirli
- strumenti e risorse per lo sviluppo di farmaci (molecular docking e dinamica molecolare)
il modulo B si propone di insegnare aspetti computazionali della determinazione, validazione ed analisi della struttura delle proteine. coprirà diverse tecniche strutturali e darà la possibilità pratica di costruire un modello da datti di raggi X. L'importanza della struttura delle proteine sarà anche illustrata con sessioni dedicate a piccole molecole e anticorpi come candidati farmaci.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: lezioni frontali
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: dispense di lezione
Testi di riferimento: