Corsi di Laurea Corsi di Laurea Magistrale Corsi di Laurea Magistrale
a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
INFORMATICA
Insegnamento
BIOINFORMATICA
SC06100856, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
INFORMATICA
SC1176, ordinamento 2014/15, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 6.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese BIOINFORMATICS
Sito della struttura didattica http://informatica.scienze.unipd.it/2017/laurea_magistrale
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Matematica
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione INGLESE
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile GIORGIO VALLE BIO/11

Mutuazioni
Codice Insegnamento Responsabile Corso di studio
INP7080661 BIOINFORMATICS AND GENOMICS - BIOINFORMATICA E GENOMICA GIORGIO VALLE IN2371
INP7080661 BIOINFORMATICS AND GENOMICS - BIOINFORMATICA E GENOMICA GIORGIO VALLE IN2371

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
AFFINE/INTEGRATIVA Attività formative affini o integrative BIO/11 6.0

Modalità di erogazione
Periodo di erogazione Primo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Organizzazione della didattica
Tipo ore Crediti Ore di
Corso
Ore Studio
Individuale
Turni
ESERCITAZIONE 1.0 8 17.0 Nessun turno
LEZIONE 5.0 40 85.0 Nessun turno

Calendario
Inizio attività didattiche 02/10/2017
Fine attività didattiche 19/01/2018

Commissioni d'esame
Nessuna commissione d'esame definita

Syllabus
Prerequisiti: Non ci sono prerequisiti particolari, se non quanto ci si aspetta da uno studente magistrale di informatica. Una conoscenza di base della genetica e della biologia molecolare saranno comunque utili per meglio inquadrare le motivazioni biologiche che stanno alla base della bioinformatica.
Il corso è in lingua inglese, quindi è necessario avere una buona conoscenza dell'inglese scritto e parlato.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il Corso è suddiviso in tre parti principali: la prima parte mette in relazione Biologia e Informazione; la seconda parte descrive i principali algoritmi utilizzati in bioinformatica per allineare sequenze biologiche e assemblare genomi; la terza parte tratta di problemi di bioinformatica relativi alla genomica funzionale. Inoltre il corso è accompagnato da esercitazioni pratiche in cui gli studenti applicheranno metodi bioinformatici per analizzare dati genomici.
In considerazione della complessità della materia e in accordo con i descrittori di Dublino, particolare attenzione sarà dedicata affinché gli studenti acquisiscano la capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità dei problemi trattati, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate e spesso frammentarie.
Modalita' di esame: L'esame sarà orale, ma un continuo monitoraggio sarà attuato durante l'intera durata del corso per verificare la comprensione degli studenti.
Criteri di valutazione: Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una compprensione sistematica del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso. Inoltre gli studenti dovrebbero essere capaci di analisi critica, di valutare e sintetizzare idee nuove e complesse, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.
Contenuti: Questo è un corso di 6 crediti: cinque di lezioni ed uno di attività pratiche che consistono nell'implementazione di algoritmi oppure in un'approfondita indagine della letteratura, su argomenti assegnati.
Le lezioni sono organizzate in tre parti.
La prima parte è un'approfondita introduzione alla Biologia, presentata come una disciplina scientifica centrata sull'Informazione. I meccanismi che facilitano la trasmissione e l'evoluzione dell'informazione biologica saranno presi come spunto per introdurre alcuni problemi della biologia che richiedono approcci computazionali e strumenti bioinformatici.
La seconda parte del corso descrive i principali algoritmi utilizzati per allineare sequenze biologiche, inclusi quelli sviluppati per il sequenziamento di DNA di ultima generazione. Sono inoltre descritti gli algoritmi utilizzati per l'assemblaggio "de novo" di genomi.
Infine, la terza parte del corso copre alcuni aspetti della bioinformatica relativi alla genomica funzionale, come l'analisi del trascrittoma, le predizione e annotazione genica, la ricerca di pattern e motivi per la predizione delle strutture proteiche. Inolre viene discusso il ruolo della bioinformatica nell'analisi di genomi individuali e nella medicina personalizzata.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso sarà tenuto con lezioni frontali e con esercitazioni pratiche. L'attività didattica sarà supportata da risorse messe a disposizione sulla piattaforma e-learning "Moodle", che comprendono materiale per apprendimento remoto e per auto-valutazione. In questo modo si vuole promuovere un'attività di "blended learning" con cui lo studente, almeno in parte, impara autonomamente, seguendo un percorso che lo accompagna attraverso contenuti reperibili in rete. Dove possible si applicherà il paradigma della "flipped classroom" che inverte lo schema tradizionale di insegnamento, prevedendo che prima lo studente impari la lezione autonomamente per poi discutere e approfondire gli argomenti in classe, con il docente e con gli altri studenti. Un'ampia raccolta di problemi, questionari ed esercizi viene messa a disposizione sulla piattaforma Moodle, sia per consentire l'autovalutazione, sia per stimolare argomenti di discussione da approfondire in classe.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Non sono previsti libri ufficiali di testo e gli studenti saranno stimolati a trovare le informazioni su fonti multiple. Il materiale didattico sarà messo a disposizione sulla piattaforma e-learning Moodle.
Testi di riferimento: