Fariselli Piero

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Struttura Dipartimento di Biomedicina Comparata e Alimentazione (BCA)
Telefono 0498272895
Qualifica Professore associato confermato
Settore scientifico FIS/07 - FISICA APPLICATA (A BENI CULTURALI, AMBIENTALI, BIOLOGIA E MEDICINA)
Rubrica di Ateneo  Visualizza
 

Curriculum Vitae
* Titoli di Studio:
1991 Laurea in Fisica (voto 110/110), Università di Bologna
1996 Dottorato di ricerca in Biofisica, Università di Genova.

* Posizioni precedenti:
2001-2016 Ricercatore Università di Bologna
1999-2001 Assegnista di ricerca (Università di Bologna)
1999-2000 Professore a contratto di Modellistica Molecolare (Università di Ferrara)
1998-2000 Professore a conratto di Sistemi di Modelli Biologici (Università di Bologna)
1996-1999 Tecnico Informatico a tempo determinato (Università di Bologna)
1991-1996 Studente di dottorato in Biofisica (Università di Genova)

* Attività didattica
2001-2016: vari corsi di Biologia Computazionale, programmazione e machine-learning presso l'univarsità di Bologna. Cofondatore della laurea magistrale internazionale in Bioinformatics (Bologna), coordinatore della medesima laurea nel periodo 2015-2016.

* Attività di referaggio:
Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Structural Biology, European Journal of Biochemistry, Journal Neural Networks, Molecular Biology and Evolution, Proteins, Proteomics, Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB).

* Attività di trasferimento tecnologico
Consulente scientifico per varie aziende fino al 2001.
Socio fondatore di BioDec s.r.l. (http://www.biodec.com).

* Attività di ricerca
Cofondatore del Biocomputing Group (www.biocomp.unibo.it) nel 1996.
Le attività di ricerca principali riguardano la Biologia Computazionale, e sviluppo di modelli di machine-learning e/o della loro applicazione a problemi di interesse scientifico.

Aree di ricerca
Biologia Computazionale: L'attività di ricerca riguarda l'utilizzo e lo sviluppo di modelli matematici e algoritmi per la risoluzione di problematiche di interesse Biologico, Biomedico e Biofisico. Di particolare interesse è la predizione della struttura e della funzione di molecole biologiche, le loro interazioni e lo studio degli effetti di loro variazioni su sistemi cellulari o organismi.

Metodi di apprendimento automatico: La linea di ricerca si occupa dello sviluppo di nuovi modelli di apprendimento automatico e della loro applicazione a problemi in cui soluzioni con metodi diretti non siano note o realizzabili. Tra i metodi sviluppati e che si stanno sviluppando si considerano in particolare, reti neurali (Deep and shallow), Extreme Learning Machines, metodi basati come Hidden Markov Models e Conditional Random Fields, e loro varianti


Pubblicazioni
Coautore di oltre 100 pubblicazioni con peer-review.

Parte delle mie pubblicazioni con relative citazioni si posso trovare su:
Google Scholar: http://scholar.google.com/citations?sortby=pubdate&hl=it&user=W7Z7PPYAAAAJ&view_op=list_works
PubMed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=fariselli+p[au]
Scopus: http://www.scopus.com/authid/detail.url?authorId=7004658043

Dal 2017 ad oggi:

1: Savojardo C, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R. DeepSig: deep learning
improves signal peptide detection in proteins. Bioinformatics. 2017 Dec 21. doi:
10.1093/bioinformatics/btx818. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 29280997.

2: Milan M, Carraro L, Fariselli P, Martino ME, Cavalieri D, Vitali F, Boffo L,
Patarnello T, Bargelloni L, Cardazzo B. Microbiota and environmental stress: how
pollution affects microbial communities in Manila clams. Aquat Toxicol. 2018
Jan;194:195-207. doi: 10.1016/j.aquatox.2017.11.019. Epub 2017 Nov 27. PubMed
PMID: 29202271.

3: Capriotti E, Fariselli P. PhD-SNPg: a webserver and lightweight tool for
scoring single nucleotide variants. Nucleic Acids Res. 2017 Jul
3;45(W1):W247-W252. doi: 10.1093/nar/gkx369. PubMed PMID: 28482034; PubMed
Central PMCID: PMC5570245.

4: Carraro M, Minervini G, Giollo M, Bromberg Y, Capriotti E, Casadio R, Dunbrack
R, Elefanti L, Fariselli P, Ferrari C, Gough J, Katsonis P, Leonardi E, Lichtarge
O, Menin C, Martelli PL, Niroula A, Pal LR, Repo S, Scaini MC, Vihinen M, Wei Q,
Xu Q, Yang Y, Yin Y, Zaucha J, Zhao H, Zhou Y, Brenner SE, Moult J, Tosatto SCE.
Performance of in silico tools for the evaluation of p16INK4a (CDKN2A) variants
in CAGI. Hum Mutat. 2017 Sep;38(9):1042-1050. doi: 10.1002/humu.23235. Epub 2017
May 16. PubMed PMID: 28440912; PubMed Central PMCID: PMC5561474.

5: Savojardo C, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R. SChloro: directing
Viridiplantae proteins to six chloroplastic sub-compartments. Bioinformatics.
2017 Feb 1;33(3):347-353. doi: 10.1093/bioinformatics/btw656. PubMed PMID:
28172591; PubMed Central PMCID: PMC5408801.

6: Savojardo C, Fariselli P, Martelli PL, Casadio R. ISPRED4: interaction sites
PREDiction in protein structures with a refining grammar model. Bioinformatics.
2017 Jun 1;33(11):1656-1663. doi: 10.1093/bioinformatics/btx044. PubMed PMID:
28130235.

7: Capriotti E, Martelli PL, Fariselli P, Casadio R. Blind prediction of
deleterious amino acid variations with SNPs&GO. Hum Mutat. 2017
Sep;38(9):1064-1071. doi: 10.1002/humu.23179. Epub 2017 May 2. PubMed PMID:
28102005; PubMed Central PMCID: PMC5522651.

Insegnamenti dell'AA 2018/19
Corso di studio (?) Curr. Codice Insegnamento CFU Anno Periodo Lingua Responsabile
AV2378 COMUNE AVP7077508 APPLIED MATHEMATICS AND PHYSICS
Info e programma A.A. 2018/19
12 I Secondo
semestre
ENG Piero Fariselli
MV1734 COMUNE MVN1027923 STATISTICA MATEMATICA, ANALISI MATEMATICA E FISICA
Info e programma A.A. 2018/19
10 I Primo
semestre
ITA Piero Fariselli