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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
INFORMATICA E BIOINFORMATICA
SC02122869, A.A. 2013/14

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2013/14

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2008/09, A.A. 2013/14
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Crediti formativi 5.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese INFORMATICS AND BIOINFORMATICS PRACTICAL
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2013/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza No
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo NON è possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile MAURO CONTI INF/01
Altri docenti STEFANIA BORTOLUZZI BIO/13

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Abilità informatiche e telematiche INF/01 5.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 2.0 32 18.0
LEZIONE 3.0 24 51.0

Calendario
Inizio attività didattiche 03/03/2014
Fine attività didattiche 14/06/2014

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
6 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 LOSIOUK ELEONORA (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
5 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2016-2017 01/10/2016 30/11/2017 NAVARIN NICOLO' (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
4 Informatica e Bioinformatica 2015-2016 01/10/2015 30/09/2016 SPERDUTI ALESSANDRO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
CONTI MAURO (Supplente)
3 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2014-2015 01/10/2014 30/09/2015 DI PIETRO ROBERTO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
SPERDUTI ALESSANDRO (Supplente)
2 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 01/10/2013 30/09/2014 CONTI MAURO (Presidente)
BORTOLUZZI STEFANIA (Membro Effettivo)
SPERDUTI ALESSANDRO (Supplente)

Syllabus
Prerequisiti: Nessuno.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Obiettivo dell'insegnamento è quello di permettere allo studente di acquisire alcune conoscenze di base relativamente all'Informatica e la Bioinformatica.

Per quanto riguarda l'Informatica, l'insegnamento si propone di dare una introduzione alla struttura e funzionamento di un computer, con particolare attenzione al sistema operativo e alla comunicazione in rete. Saranno inoltre introdotti i concetti base relativi alle basi di dati e al web. Infine lo studente sarà introdotto alla programmazione in python e ai principali software di produzione personale tramite lezioni ed esercitazioni in aula informatica.


La parte di Bioinformatica si prefigge di introdurre lo studente all’importanza e alla pervasività della disciplina bioinformatica nella biologia moderna e di fornire allo studente di la motivazione per lo studio dell’informatica come materia propedeutica la lavoro del biologo molecolare.
Modalita' di esame: Scritto a risposta multipla (sia per la parte di Informatica che Bioinformatica).
Criteri di valutazione: L'esame scritto tende a valutare il livello di conoscenze acquisite durante il corso, sia in termini di conoscenza di concetti che di applicazione degli stessi a casi concreti.
Contenuti: INFORMATICA

- Concetti e nozioni di base dell’informatica (architettura di Von Neumann, rappresentazione dell'informazione)
- Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows)
- Reti (Internet e il World Wide Web, TCP/IP, SSH, posta elettronica, HTML, motori di ricerca).
- Basi di Dati.
- Utilizzo di software di produttività personale (in particolare, editori di testo e fogli elettronici).
- Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python

BIOINFORMATICA


La biologia molecolare nell'era dei "big data": le metodologie sperimentali high-troughput e la grande disponibilità di dati sperimentali e conoscenza richiedono approcci quantitativi basati sull'informatica e la statistica per lo studio dei fenomeni biologici.

Database: database di biosequenze, risorse web orientate alla genetica, alla biologia molecolare e alla genomica.

Lavorare con le sequenze: allineamenti, cenni sugli algoritmi di allineamento locale e globale, omologia e similarita', BLAST.

Navigare i genomi: Risorse NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL, ENCODE.

Esercitazioni pratiche: esercitazioni sugli argomenti sopradescritti verranno svolte mediante database e webtools; un’esercitazione verterà sull’utilizzo della Shell e di Python per svolgere operazioni di base su file di sequenze.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Lezioni frontali ed esercitazioni in laboratorio informatico.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Vengono rese disponibili, come riferimento, i lucidi utilizzati a lezione. Per la programmazione in Python si farà riferimento a parti del libro:
Downey, J. Elkner, C. Meyers. “Pensare da Informatico, Imparare con Python” scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf

Lo studente può fare sempre riferimento al sito web dedicato al corso.
Testi di riferimento:
  • J. Glenn Brookshear, Informatica. Una panoramica generale. --: Pearson, 2006. Testo di riferimento, verrà utilizzato solo per le parti relative agli argomenti coperti dall'insegnamento Cerca nel catalogo
  • Krane e Raymer, Fondamenti di Bioinformatica. --: Pearson, 2007. Cerca nel catalogo