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a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
BIOLOGIA MOLECOLARE
Insegnamento
INFORMATICA E BIOINFORMATICA
SC02122869, A.A. 2017/18

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2017/18

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea in
BIOLOGIA MOLECOLARE
SC1166, ordinamento 2015/16, A.A. 2017/18
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Crediti formativi 5.0
Tipo di valutazione Giudizio
Denominazione inglese INFORMATICS AND BIOINFORMATICS PRACTICAL
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2017/laurea
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Sito E-Learning https://elearning.unipd.it/biologia/course/view.php?idnumber=2017-SC1166-000ZZ-2017-SC02122869-N0
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione ITALIANO
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile Eleonora Losiouk 000000000000
Altri docenti GABRIELE SALES BIO/18

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
ALTRO Abilità informatiche e telematiche -- 5.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 2.0 32 18.0
LEZIONE 3.0 24 51.0

Calendario
Inizio attività didattiche 26/02/2018
Fine attività didattiche 01/06/2018

Commissioni d'esame
Commissione Dal Al Membri
6 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2017/2018 01/10/2017 25/11/2018 LOSIOUK ELEONORA (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)
5 INFORMATICA E BIOINFORMATICA 2016-2017 01/10/2016 30/11/2017 NAVARIN NICOLO' (Presidente)
SALES GABRIELE (Membro Effettivo)

Syllabus
Prerequisiti: Non sono richieste nozioni particolari per poter frequentare l'insegnamento.
L'insegnamento non prevede propedeuticità.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Obiettivo dell'insegnamento è quello di permettere allo studente di acquisire alcune conoscenze di base relativamente all'Informatica e la Bioinformatica.
Per quanto riguarda l'Informatica, l'insegnamento si propone di dare una introduzione alla struttura e funzionamento di un computer, con particolare attenzione al sistema operativo e alla comunicazione in rete. Saranno inoltre introdotti i concetti base relativi alle basi di dati e al web. Infine lo studente sarà introdotto alla programmazione in python e ai principali software di produzione personale tramite lezioni ed esercitazioni in aula informatica.
Per quanto riguarda la Bioinformatica si acquisiscono conoscenze ed abilità in campo informatico mirate: 1) al reperimento di informazioni scientifiche; 2) all’analisi e allo studio delle sequenze di acidi nucleici e proteine.
Modalita' di esame: Per quanto riguarda l'Informatica, lo studente deve superare un esame scritto. Se ritenuto opportuno, il docente può integrare l'esame scritto tramite esame orale.

Per la parte di Bioinformatica l'esame e' un test scritto con domande multiple riguardanti gli argomenti affrontati a lezione ed esercitazione.
Criteri di valutazione: Per quanto riguarda l'Informatica, l'esame scritto contiene alcune domande che consentono di valutare il livello di apprendimento delle nozioni impartite durante il corso.
Nella parte di Bioinformatica si valuta il livello di conoscenza acquisita e grado di abilità operativa.
Contenuti: Le nozioni relative all'Informatica coperte in aula saranno le seguenti:
- Concetti e nozioni di base dell’informatica (architettura di Von Neumann)
- Sistemi Operativi (Unix/Linux e Windows)
-Rappresentazione dei dati (numeri binari, rappresentazioni modulo e segno, complemento a due e floating point, immagini bitmap)
- Logica Booleana (logica di Boole, operatori di base AND OR NOT, formule logiche, circuiti logici)
- Basi di dati (flat file e relazionali)
- Reti (Internet e il World Wide Web, TCP/IP, SSH, posta elettronica, HTML, motori di ricerca)
-Algoritmi (complessità computazionale).
In aula informatica saranno coperti i seguenti argomenti:
- Elementi di programmazione utilizzando il linguaggio Python

Nella parte di Bioinformatica vengono presentate le diverse tipologie di dati biologici e le modalità della loro memorizzazione nei database biologici primari e secondari. Gli argomenti trattati introducono al reperimento, l’organizzazione, la struttura e l’utilizzo delle principali risorse informatiche a carattere biologico disponibili in rete, con approfondimenti sulle principali risorse disponibili all’NCBI. Sono inoltre spiegate le potenzialità dei browser genomici come ulteriore risorsa utile al reperimento di dati biologici. Alcuni concetti alla base dell’evoluzione sono introdotti affrontando la comparazione di sequenze biologiche tramite analisi di allineamento. Durante le esercitazioni al computer viene descritto come individuare ed interpretare specifiche informazioni di carattere biologico ottenute da banche dati di citazioni bibliografiche, di sequenze nucleotidiche e proteiche, di malattie genetiche. Le ricerche vengono effettuate sia mediante query complesse nelle specifiche banche dati, sia mediante l’utilizzo di browser genomici. Sono inoltre svolte le analisi di similarità che stanno alla base della comparazione tra sequenze nucleotidiche e aminoacidiche.
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: L'insegnamento prevede sia lezioni frontali in aula che esperienze di programmazione e utilizzo di applicativi software in aula informatica.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Per la parte di Informatica vengono rese disponibili, come riferimento, i lucidi utilizzati a lezione. Per la programmazione in Python si farà riferimento a parti del libro:
Downey, J. Elkner, C. Meyers. “Pensare da Informatico, Imparare con Python” scaricabile liberamente da http://www.python.it/doc/Howtothink/HowToThink_ITA.pdf

Per la parte di Bioinformatica il materiale didattico è disponibile nel sito web didattica.cribi.unipd.it/bioinfo.
Testi di riferimento:
  • Brookshear JG, Informatica. Una panoramica generale.. --: Pearson, 2006. Questo testo verrà utilizzato solo per le parti relative agli argomenti coperti dall'insegnamento. Cerca nel catalogo

Didattica innovativa: Strategie di insegnamento e apprendimento previste
  • Files e pagine caricati online (pagine web, Moodle, ...)

Didattica innovativa: Software o applicazioni utilizzati
  • Moodle (files, quiz, workshop, ...)