Corsi di Laurea Corsi di Laurea Magistrale Corsi di Laurea Magistrale
a Ciclo Unico
Scuola di Scienze
MOLECULAR BIOLOGY
Insegnamento
GENOMICS
SCP8085063, A.A. 2019/20

Informazioni valide per gli studenti immatricolati nell'A.A. 2019/20

Principali informazioni sull'insegnamento
Corso di studio Corso di laurea magistrale in
MOLECULAR BIOLOGY
SC2445, ordinamento 2018/19, A.A. 2019/20
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Curriculum Percorso Comune
Crediti formativi 9.0
Tipo di valutazione Voto
Denominazione inglese GENOMICS
Sito della struttura didattica http://biologiamolecolare.scienze.unipd.it/2019/laurea_magistrale_molecularbiology
Dipartimento di riferimento Dipartimento di Biologia
Obbligo di frequenza
Lingua di erogazione INGLESE
Sede PADOVA
Corso singolo È possibile iscriversi all'insegnamento come corso singolo
Corso a libera scelta È possibile utilizzare l'insegnamento come corso a libera scelta

Docenti
Responsabile GIORGIO VALLE BIO/11
Altri docenti GEROLAMO LANFRANCHI BIO/18

Dettaglio crediti formativi
Tipologia Ambito Disciplinare Settore Scientifico-Disciplinare Crediti
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/11 5.0
CARATTERIZZANTE Discipline del settore biomolecolare BIO/18 4.0

Organizzazione dell'insegnamento
Periodo di erogazione Secondo semestre
Anno di corso I Anno
Modalità di erogazione frontale

Tipo ore Crediti Ore di
didattica
assistita
Ore Studio
Individuale
LABORATORIO 2.0 32 18.0
LEZIONE 7.0 56 119.0

Calendario
Inizio attività didattiche 02/03/2020
Fine attività didattiche 12/06/2020
Visualizza il calendario delle lezioni Lezioni 2019/20 Ord.2018

Syllabus
Prerequisiti: I contenuti del corso sono stati definiti tenendo in considerazione i programmi della laurea triennale in Biologia Molecolare dell'Università di Padova. Si presuppone in particolare che gli studenti abbiano una approfondita conoscenza della genetica, della biologia molecolare e della Bioinformatica.
Il corso è in lingua inglese, quindi è necessario avere una buona conoscenza dell'inglese scritto e parlato.
Conoscenze e abilita' da acquisire: Il corso è diviso in tre parti principali: 1) Tecnologie di sequenziamento di DNA e sequenziamento genomico; 2) Genomica funzionale, inclusa trascrittomica, proteomica, interattomica, predizione genica, annotazione genica, epigenomica; 3) Analisi di polimorfismi, risequenziamento di genomi ed esomi, medicina personalizzata, integrazione di dati e biologia dei sistemi. Inoltre il corso è accompagnato da esercitazioni pratiche in cui gli studenti si cimenteranno nella costruzione di librerie "NGS" e applicheranno metodi bioinformatici per analizzare dati genomici.
In considerazione della complessità della materia e in accordo con i descrittori di Dublino, particolare attenzione sarà dedicata affinché gli studenti acquisiscano la capacità di integrare le conoscenze e gestire la complessità dei problemi trattati, nonché di formulare giudizi sulla base di informazioni limitate e spesso frammentarie.
Modalita' di esame: L'esame si articola in tre parti: 1) un elaborato scritto, consegnato almeno una settimana prima dell'appello d'esame, in cui lo studente deve descrivere i risultati ottenuti nelle eserctazioni pratiche, 2) una sessione di quiz su Moodle, che si svolge all'inizio dell'appelo d'esame e 3) una discussione orale sul progetto di esercitazione e sui contenuti del corso. Un continuo monitoraggio sarà attuato durante l'intera durata del corso per verificare la comprensione degli studenti.
Criteri di valutazione: Nell'esame finale gli studenti dovranno dimostrare una comprensione sistematica del settore e dovranno sapersi destreggiare con i metodi della ricerca associati ad esso. Inoltre gli studenti dovrebbero essere capaci di analisi critica, di valutare e sintetizzare idee nuove e complesse, integrando gli argomenti di questo corso con altre conoscenze.
Contenuti: Il Corso consiste in 9 crediti formativi: 7 di lezioni e 2 di esercitazioni pratiche. Ogni titolo riportato sotto corrisponde a circa due ore di lezione frontale più quattro ore di studio. Le lezioni saranno articolate nel seguente modo.

Part 1.
Presentation of course and practicals
Introduction: Life, Biology, Information, Genomes, Evolution
History of genomics
Next Generation sequencing (NGS)
NGS: data formats for reads
Classical sequence alignment and assembly algorithms
NGS read alignment
Alignment formats: gff, sam and bam
Genome assembly with NGS data
Mate pair libraries and scaffolding
Metagenomics

Part 2
Transcriptome: Northern, EST, Full length, Microarrays
RNAseq
Analysis of RNAseq data
Proteomics
miRNA,
miRNA target prediction; lincRNA
Interactomics, and functional associations
Gene prediction, gene ontology and gene annotation
DNA methylation and methylome analysis
Histone modification and ChIP analysis"

Part 3
Analysis of human mutations and polymorphisms
GWAS
Genome re-sequencing and Exome sequencing
Personalized medicine and related bioinformatics
Genome browsers
Data integration and systems biology
General summary, discussion and conclusions
Attivita' di apprendimento previste e metodologie di insegnamento: Il corso sarà tenuto con lezioni frontali e con esercitazioni pratiche. L'attività didattica sarà supportata da risorse messe a disposizione sulla piattaforma e-learning "Moodle", che comprendono materiale per apprendimento remoto e per auto-valutazione. In questo modo si vuole promuovere un'attività di "blended learning" con cui lo studente, almeno in parte, impara autonomamente, seguendo un percorso che lo accompagna attraverso contenuti reperibili in rete. Dove possible si applicherà il paradigma della "flipped classroom" che inverte lo schema tradizionale di insegnamento, prevedendo che prima lo studente impari la lezione autonomamente per poi discutere e approfondire gli argomenti in classe, con il docente e con gli altri studenti. Un'ampia raccolta di problemi, questionari ed esercizi viene messa a disposizione sulla piattaforma Moodle, sia per consentire l'autovalutazione, sia per stimolare argomenti di discussione da approfondire in classe.
Eventuali indicazioni sui materiali di studio: Non sono previsti libri ufficiali di testo e gli studenti saranno stimolati a trovare le informazioni su fonti multiple. Il materiale didattico sarà messo a disposizione sulla piattaforma e-learning Moodle.
Testi di riferimento:

Didattica innovativa: Strategie di insegnamento e apprendimento previste
  • Lecturing
  • Laboratory
  • Case study
  • Interactive lecturing
  • Working in group
  • Questioning
  • Action learning
  • Flipped classroom
  • Quiz o test a correzione automatica per feedback periodico o per esami
  • Active quiz per verifiche concettuali e discussioni in classe
  • Videoriprese realizzate dal docente o dagli studenti

Didattica innovativa: Software o applicazioni utilizzati
  • Moodle (files, quiz, workshop, ...)
  • Kaltura (ripresa del desktop, caricamento di files su MyMedia Unipd)
  • Riprese in studio (Open set dell'Ufficio DLM, Lightboard, ...)
  • Top Hat (active quiz, quiz)

Obiettivi Agenda 2030 per lo sviluppo sostenibile
Fame Zero Salute e Benessere Istruzione di qualita' Uguaglianza di genere Energia pulita e accessibile Industria, innovazione e infrastrutture La vita sott'acqua La vita sulla Terra